Sanktuarium Ecce Homo Świętego Brata Alberta wiąże się ściśle z kultem św. Brata Alberta i bł. Siostry Bernardyny oraz obrazu Ecce Homo

Brat Albert jeszcze przed wyniesieniem do chwały ołtarzy był postacią bardzo popularną. Wielu ludzi modliło się za jego wstawiennictwem prosząc Boga o potrzebne łaski. W związku ze staraniami o rozpoczęcie procesu beatyfikacyjnego, 15 września 1932 r. odbyła się ekshumacja zwłok Brata Alberta. Przełożono je do nowej trumny i z powrotem zamurowano w grobowcu na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie. 23 grudnia 1946 r. wznowiono proces informacyjny, a 31 maja 1949 r. przeniesiono doczesne szczątki Ojca Ubogich do krypty w przedsionku kościoła Ojców Karmelitów Bosych przy ul. Rakowickiej 18.

W styczniu 1981 roku inż. Marzena Popławska i Wojciech Kosiński wykonali plan budowli. Mimo uzyskanego w czerwcu 1981 r. pozwolenia na budowę, nie można było do niej przystąpić, ponieważ pojawiły się kłopoty z lokalizacją obiektu. Władze wysuwały różne propozycje. Ostatecznie urząd dzielnicowy 19 stycznia 1982 r. wyraził zgodę na budowę przy Domu Generalnym Sióstr Albertynek na Prądniku Czerwonym przy ul. Woronicza 10 w Krakowie.

4 września 1982 r. przystąpiono do wytyczania fundamentów i prac budowlanych. Do końca listopada tegoż roku mury dolnego kościoła nakryto betonową płytą. Pod koniec marca 1983 r., po zimowej przerwie, wznowiono budowę.

Beatyfikacja, która miała miejsce 22 czerwca 1983 r., sprawiła, że kult Brata Alberta wzrósł ogromnie. W trzy dni później, tj. 25 czerwca, przewieziono jego relikwie z kościoła Ojców Karmelitów Bosych do Domu Generalnego Sióstr Albertynek i poddano je konserwacji, której dokonali dr Krzysztof Szczygieł i dr Jan Ciećkiewicz. Po umieszczeniu relikwii w metalowej trumience, 3 sierpnia 1983 r. złożono ją w kaplicy zakonnej tegoż domu.

Dnia 3 sierpnia 1984 r. odbyło się uroczyste wmurowanie kamienia węgielnego, pochodzącego z Bazyliki św. Franciszka z Asyżu i poświęconego przez Ojca Świętego Jana Pawła II. Wmurowania dokonał ks. kard. Franciszek Macharski, metropolita krakowski. Kościół otrzymał nazwę: Ecce Homo pod wezwaniem bł. Brata Alberta. Poświęcenie kościoła przypadło na dzień liturgicznego wspomnienia bł. Brata Alberta 17 czerwca 1985 r. Również tej uroczystości przewodniczył Ksiądz Kardynał.

23 listopada 1997 r., w uroczystość Chrystusa Króla Wszechświata, metropolita krakowski ks. kard. Franciszek Macharski podniósł kościół do rangi sanktuarium. Odtąd kościół nosi nazwę Sanktuarium Ecce Homo świętego Brata Alberta.